Monitoring predstavlja praćenje stanja (brojnosti) populacije neke vrste i jedna je od glavnih zadaća Javne ustanove.
Monitoring zaštićenih vrsta provodi se kontinuirano, prema planiranim vrijednostima, uz preporuke Hrvatske agencije za okoliš i prirodu. Za pojedine ciljane vrste izrađeni su Nacionalni monitoring protokoli.
Ustanova trenutno obavlja monitoring nad 14 zaštićenih vrsta. To su:
Crex crex – kosac
Ciconia nigra – crna roda
Ciconia ciconia – bijela roda
Haliaetus albicilla – štekavac
Dryocopus martius – crna žuna
Lucanus cervus – jelenak
Lutra lutra – vidra
Hirundinidae – lastavice/piljci
Coraciiformes – vodomari/pčelarice
Chiroptera – šišmiši
Lycena dispar – kiseličin vatreni plavac
Fritilaria melagris – kockavica
Canis lupus – vuk
Castor fiber – dabar