Monitoring predstavlja praćenje stanja (brojnosti) populacije neke vrste i jedna je od glavnih zadaća Javne ustanove.

Monitoring zaštićenih vrsta provodi se kontinuirano, prema planiranim vrijednostima, uz preporuke Hrvatske agencije za okoliš i prirodu. Za pojedine ciljane vrste izrađeni su  Nacionalni monitoring protokoli.

Ustanova trenutno obavlja monitoring nad 14 zaštićenih vrsta. To su:

Crex crex – kosac
Ciconia nigra – crna roda
Ciconia ciconia – bijela roda
Haliaetus albicilla – štekavac
Dryocopus martius – crna žuna
Lucanus cervus – jelenak
Lutra lutra – vidra


Hirundinidae – lastavice/piljci
Coraciiformes – vodomari/pčelarice
Chiroptera – šišmiši
Lycena dispar
– kiseličin vatreni plavac
Fritilaria melagris – kockavica
Canis lupus
– vuk
Castor fiber – dabar